انجمن حجتیه ساختار و تشكیلاتی منظم و پنهانی داشته‎است. به شهادت انقلابیونی كه سابقه عضویت در انجمن را داشته‎اند، جلسات پنهانی انجمن حجتیه دارای سطوح مختلف بوده و هست، و در عمل كسانی كه با اندیشه‎‎های انجمن سازگار نبودند، یا خود از جلسات كنار می‎‎كشیدند و یا كنار گذاشته می‎‎شدند. عضو انجمن، پس از گذراندن این جلسات به فعالیت‎‎های اجتماعی و فرهنگی انجمن وارد می‎‎شد. در ساختار انجمن، كمیته‎‎های مختلف از جمله كمیته تدریس، كمیته تحقیق، كمیته نگارش، كمیته ارشاد، كمیته ارتباط با خارج و كمیته كنفرانس‌‎ها وجود داشت. روحیه‎ پنهان‎كاری (انجمنی‎‎ها موظف بودند عضویت خود در این تشكیلات را در برابر دیگران انكار كنند‎‎) و انضباط تشكیلاتی حاكم بر كمیته‎ها، سری بودن تشكیلات و همچنین عدم درگیری با حكومت پهلوی، این امكان را برای انجمن به‎وجود آورد تا بتواند دامنه نفوذش را در سراسر ایران و حتی تا هند و پاكستان گسترش دهد.
مراودات انجمن و ساواك
گرچه مشی انجمن كناره‎گیری از سیاست بود، ولی مبارزه با بهاییت نیاز به سیاسی‎كاری‎‎هایی هم داشت. ایجاد تشكیلات برای مبارزه با بهاییت كه در دستگاه حكومت آن روز نفوذ داشتند، بدون دادن امتیازاتی به حكومت و بدون پار‎های از همكاری‌‎ها با حكومت میسر نبود. در كتاب "در شناخت حزب قاعدین زمان " تصویر اسنادی از ساواك آورده شده كه دلیلی برای برخی از همكاری‌‎های انجمن با ساواك است. البته انجمن برای ادامه فعالیت خود مجبور به این همكاری بود و شاید در این مورد انجمن از "اصل تقیه " استفاده می‎كرد، اصلی كه در مرام انجمن كاربرد وسیعی داشته و دارد

انجمن و مخالفت با مبارزه علیه شاه
رهبران انجمن به این دلیل كه مبارزه را امر مثبتی نمی‎دانستند در برابر فعالیت‌‎هایی كه علیه حكومت وقت انجام می‎گرفت، با تردید برخورد می‎كردند. آقای طیب كه خود از مسؤولان سابق انجمن بود و پس از انقلاب از انجمن خارج شد در این‎باره می‎گوید: "از ابتدای این نهضت و از گذشته‎‎های دور این نهضت، آقای حلبی با ناباوری با آن برخورد می‎كرد و معتقد بود كه نمی‎شود با رژیم تا دندان مسلح شاه مبارزه كرد و عقیده داشت كسانی كه به این راه كشیده می‎شوند، خون‌شان را هدر می‎دهند و كسانی كه افراد را به این راه می‎كشانند مسئول این خون‌‎ها هستند و معتقد بود كه نظر صحیح، فعالیت‌‎های فرهنگی و ایدئولوژیك است و نه مبارزه علیه رژیم " مسلم است كه هیچ‌كس با مبارزه با بهاییت مخالف نبود. اما مبارزان دیدگاه وسیع‌تری داشتند. آن‎‎ها معتقد بودند كه بهاییت زیرمجموعه‎ای از حكومت وقت است و اگر حكومت نابود شود، بهاییت هم خودبه‎خود از بین خواهدرفت.
حمایت برخی مراجع از فعالیت‎‎های ضدبهاییت انجمن
در آن برهه، برخی مراجع به حمایت و تقدیر از فعالیت‎‎های انجمن در مواجهه با خطر نشر بهاییت می‎‎پرداختند. در همین راستا، امام‎خمینی هم برای مدت كوتاهی اجازه دادند اعضای انجمن از وجوهات برای پیشبرد فعالیت‎‎های خود بهره ببرند ولی بعد از مدتی این اجازه را از آن‎‎ها سلب كردند. همچنین آیت‎الله خزعلی را نیز به‎عنوان نماینده خود در انجمن معرفی كردند. این نمایندگی تا سه سال پس از انقلاب ادامه داشت. آیت‎الله خزعلی در این خصوص می‎‎گوید: "امام به من فرمودند كه بر این گروه نظارت كنم و به ایشان گزارش كنم. ولی به علت سوءاستفاده‎‎های بعضی افراد انجمن آن هم در حد فردی نه خود انجمن، این‎گونه برای دیگران مطرح می‎كردند كه بودن اینجانب در انجمن دلیل بر تأیید امام بر كل انجمن است. امام هم از 12 رمضان 60 این نظارت را از من گرفتند. "
انجمن پس از انقلاب اسلامی
پس از پیروزی انقلاب، انجمن حجتیه اعلام كرد كه همراه با مردم در جهت اهداف انقلاب اسلامی فعالیت خواهدكرد اما عملا چنین چیزی روی نداد. انجمن، در این برهه، درصدد بدست‎آوردن مسئولیت‌‎ها و پست‌‎هایی در وزارت اطلاعات و وزارت آموزش و پرورش بود كه با مخالفت بسیاری از مسؤولان روبه‌رو شد. شهید رجایی در زمانی كه تصدی وزارت آموزش و پرورش را به عهده داشت اعلام كرد: "من انجمنی‌‎ها را نمی‎پذیرم و این‎‎ها را ما راه‌شان نمی‎دهیم. " آیت‌الله جنتی نیز در خطبه‎‎های نمازجمعه مورخ 9/7/1361 در این‎باره از تلاش انجمن برای نفوذ به مراكز اطلاعاتی و نظامی و عدم همكاری با این مراكز در ارائه اطلاعات انتقاد كرد.
امام در جایی خطاب به ناطق‎نوری، وزیر كشور و علی‎اكبر پرورش، وزیر آموزش و پرورش، نظر خود را نسبت به انجمن چنین ابراز می‎‎كند: "به آن‎‎ها پست كلیدی ندهید. خطرناكند. وقتی آمدند بین شما تفرقه ایجاد می‎‎كنند، تشتت ایجاد می‎‎كنند. برادران را به جان هم می‎‎اندازند. آن‎‎ها كار دیگری دارند. دنبال مسأله دیگری هستند. این‎‎ها با شاه همكاری می‎‎كردند. برای‌شان مسأله دین مطرح نبوده‎است. " "البته این سخنان امام آن زمان خصوصی بود و بعدا منتشر شد.
انتشار سخنان موهن برخی از بزرگان انجمن
در سال‎‎های اوایل پیروزی انقلاب، سخنانی منسوب به حلبی منتشر شد كه خشم انقلابیون را برانگیخت. از این دست سخنان، علاوه‎بر توهین به امام‎خمینی، دهن‎كجی به مبارزان و تخطئه نهضت اسلامی و دفاع مقدس هم برداشت می‎‎شد: "یك خودكاری در دستش گرفته و یك اعلامیه‌ای نوشته، می‎‏خواهد آمریكا را شكست بدهد. "
"یك چند صباحی است دارند تشجیع می‎‎كنند اما به بیراهه، ملتفت نكته باشید... اول شما یك افسر، یك پیشوا و رهبر معصومِ جنگی پیدا كنید، یك رهبری كه بتواند اداره اجتماع كند روی نقطه عصمت نه عدالت، عدالت كافی نیست؛ پریشب گفتم اول او را پیدا كنید او را اقامه به‎كار كنید، مطرح داشته‎باشید، نقشه صحیح طبق نظر این رهبر معصوم داشته باش، آن‌وقت برو جانت را بده. آن‌وقت من هم واجب است منبر را ر‎ها كنم، منبر بازی است، هفت‌تیر به كمرم ببندم بروم جلو. آن رهبر جلو باشد رهبر معصوم جلو بیافتد، فهمیدی؟ بنده توی خانه‌ام بنشینم، پلو بخورم، به جناب آقا بگویم برو میدان [طعنه احتمالی به حضرت امام]، می‎گوید: برو آقا دنبال كار خودت، خیلی خوب است، خودت بیا عمل كن. التفات فرمودید یا نه؟ خون مردم، عرض و ناموس مردم را نمی‎توان داد به كسی كه خطا می‎كند. " گرچه انجمن در بیانیه‎هایی، سخنرانی‎‎های حاوی این مطالب را مربوط به قبل از انقلاب و در تأیید نهضت(! ) دانست یا كسانی در برخی اظهار نظر‎ها این نوار‎های صوتی را تقطیع‎شده خواندند، اما آشنایی قبلی انقلابیون با افكار انجمن حجتیه باعث شد كه این توضیحات كسی را قانع نكند.
انجمنی‎‎ها و انقلابیون؛ رویارویی ایدئولوژیك
انجمنی‎‎ها در سال‎‎های پس از انقلاب، خود را از حامیان انقلاب و پیروان "نائب‎الامام‎خمینی " (لفظی كه به جای امام‎خمینی به‎كار می‎‎بردند) می‎‎خواندند. اما اختلافات ایدئولوژیك، باعث شد تا امام‎خمینی، زبان به انتقاد غیرمستقیم از آن‎‎ها باز كند: "یك دسته دیگر هم كه تزشان این است كه بگذاریدكه معصیت زیاد بشود تا حضرت صاحب بیاید. حضرت صاحب مگر برای چه می‎آید؟ حضرت صاحب می‎آید كه معصیت را بردارد. ما معصیت می‎كنیم كه او بیاید؟ این اعوجاجات را بردارید، این دسته‌بندی‌‎ها را برای خاطر خدا اگر مسلمانید، و برای خاطر كشورتان، اگر ملی هستید، این‌ دسته‌بندی‌‎ها را بردارید. در این موجی كه الان این ملت را به پیش می‎برد، در این موج خودتان را وارد كنید و برخلاف موج حركت نكنید كه دست و پایتان خواهدشكست. "
به دنبال این قبیل مواضع، انجمن طی بیانیه‎ای، تعلیق كلیه فعالیت‎‎های خویش را به‎طور موقت اعلام كرد، هرچند كه فعالیت‎‎های این تشكیلات منسجم در تربیت نیرو‎ها و ترویج افكارشان به قوت قبل ادامه یافت. در این بیانیه با اشاره به سخنان امام آمده‎بود: "در پی این فرمایش شایع شد كه طرف خطاب امر مبارك این انجمن است. اگر چه به هیچ وجه افراد انجمن را مصداق مقدمه بیان فوق نیافته و نمی‎‎یابیم. مُحرز شد كه مخاطب امر معظم‎له این انجمن می‎‎باشد. لذا موضوع توسط مسئولین انجمن به عرض مؤسس معظم و استاد مكرم حضرت حجت‎الاسلام‎ و ‎المسلمین آقای حلبی دامت‎بركاته رسید. فرمودند: در چنین حالتی وظیفه شرعی در ادامه فعالیت نیست. كلیه جلسه‎‎ها و برنامه‎‎ها باید تعطیل شود. . . براساس عقیده دینى و تكلیف شرعى خود، تبعیت از مقام‎معظم رهبرى و مرجعیت و حفظ وحدت و یكپارچگى امت و رعایت مصالح عالیه مملكت و ممانعت از سوءاستفاده دستگاه‎هاى تبلیغاتى بیگانه و دفع غرض‌ورزى دشمنان اسلام ... اعلام مى‏داریم كه از این تاریخ، تمامى جلسات انجمن تعطیل مى‏باشد و هیچ‎كس مجاز نیست تحت عنوان این انجمن كوچكترین فعالیتى كند. "
پس از این مقطع انجمن اگرچه به ظاهر تعطیلی فعالیت‎‎های خود را اعلام كرد، اما بخش عمده این فعالیت‎‎ها به‎طور نیمه علنی یا غیر علنی در قالب‎‎های دیگر ادامه یافت

نویسنده:محمد یكتا